"Chciałabym być czarodziejką". Gdy pewnego dnia Madoka spotyka na swojej drodze Kyubeya i tajemniczą nową uczennicę ze swojej szkoły, Homurę Akemi, wie już, że w jej życiu zajdą ogromne zmiany. Wplątuje się w długą serię niezwykłych i niebezpiecznych zdarzeń i przy okazji dowiaduje się, jakie
Kyoko i Sayaka powoli coraz bardziej pogrążają się w otchłani rozpaczy - takie zresztą jest przeznaczenie wszystkich czarodziejek. Mami również straciła całą swoją nadzieję i wolę walki. Jednak istnieje dla nich ratunek...
Madoka, Homura, Mami, Sayaka i Kyoko… Wszystkie czarodziejki są nareszcie jedną drużyną i wspólnie bronią miasta Mitakihara przed wiedźmami… Ale czy naprawdę jest tak, jak się wydaje? Homura jako jedyna zaczyna dostrzegać, że ze światem w które wszystkie żyją i walczą jest coś strasznie nie tak.
Czarodziejki łączą siły i stają do ostatecznej walki, której wynik zadecyduje o przyszłości całego wszechświata! Czy w świecie pełnym kłamst, iluzji i wymazanych wspomnień można być czegoś pewnym? I czy, gdy opadnie już bitewny kurz, Homura znajdzie w końcu ukojenie?
Madoka Kaname jest zwykłą dziewczyną, nie wyróżniającą się z tłumu - ma kochającą rodzinę, grono dobrych przyjaciół, chodzi do gimnazjum, miewa w życiu gorsze i lepsze dni. Wszystko zmienia się gdy spotyka Kyubeya - dziwne, kotopodobne stworzonko, które proponuje jej pewien układ: ono spełni jedno
Madoka w końcu zmuszona jest stanąć twarzą w twarz z prawdą o tym, skąd tak naprawdę biorą się wiedźmy. Jednocześnie dowiaduje się, jaki los czeka każdą bez wyjątku dziewczynę, która zgodzi się zawrzeć kontrakt z Kyubeyem. W końcu przestaje on ukrywać prawdziwe motywy stojące za jego działaniami.
W wyniku osobistej tragedii, Kyoko nie walczy już ramię w ramię ze swoją przyjaciółką Mami, która obecnie wzięła pod swoje skrzydła świeżo upieczoną czarodziejkę, Sayakę oraz jej koleżankę, Madokę. Czy przy kolejnym spotkaniu dawnych towarzyszek broni uda się uniknąć konfliktu?
Świat, w którym żyje Homura nie jest tym, czym się na pierwszy rzut oka wydaje. Coraz więcej elementów układanki przestaje do siebie pasować, nielogiczności zaczynają się nawarstwiać zaś przyjaciółki, które znało się od dawna i u których boku niezliczoną ilość razy walczyło się na śmierć i życie
Mami Tomoe, czajodziejka broniąca miasta Mitakihara, walczyła z wiedźmami zupełnie sama. Pewnego dnia los zetknął ją ze świeżo upieczoną czarodziejką Kyoko Sakurą, która pełna podziwu dla umiejętności swojej starszej koleżanki, poprosiła ją, by mogła zostać jej uczennicą.
