Mami Tomoe, czajodziejka broniąca miasta Mitakihara, walczyła z wiedźmami zupełnie sama. Pewnego dnia los zetknął ją ze świeżo upieczoną czarodziejką Kyoko Sakurą, która pełna podziwu dla umiejętności swojej starszej koleżanki, poprosiła ją, by mogła zostać jej uczennicą.
W wyniku osobistej tragedii, Kyoko nie walczy już ramię w ramię ze swoją przyjaciółką Mami, która obecnie wzięła pod swoje skrzydła świeżo upieczoną czarodziejkę, Sayakę oraz jej koleżankę, Madokę. Czy przy kolejnym spotkaniu dawnych towarzyszek broni uda się uniknąć konfliktu?
Kyoko i Sayaka powoli coraz bardziej pogrążają się w otchłani rozpaczy - takie zresztą jest przeznaczenie wszystkich czarodziejek. Mami również straciła całą swoją nadzieję i wolę walki. Jednak istnieje dla nich ratunek...
Madoka, Homura, Mami, Sayaka i Kyoko… Wszystkie czarodziejki są nareszcie jedną drużyną i wspólnie bronią miasta Mitakihara przed wiedźmami… Ale czy naprawdę jest tak, jak się wydaje? Homura jako jedyna zaczyna dostrzegać, że ze światem w które wszystkie żyją i walczą jest coś strasznie nie tak.
