Czarodziejki łączą siły i stają do ostatecznej walki, której wynik zadecyduje o przyszłości całego wszechświata! Czy w świecie pełnym kłamst, iluzji i wymazanych wspomnień można być czegoś pewnym? I czy, gdy opadnie już bitewny kurz, Homura znajdzie w końcu ukojenie?
Madoka, Homura, Mami, Sayaka i Kyoko… Wszystkie czarodziejki są nareszcie jedną drużyną i wspólnie bronią miasta Mitakihara przed wiedźmami… Ale czy naprawdę jest tak, jak się wydaje? Homura jako jedyna zaczyna dostrzegać, że ze światem w które wszystkie żyją i walczą jest coś strasznie nie tak.
Świat, w którym żyje Homura nie jest tym, czym się na pierwszy rzut oka wydaje. Coraz więcej elementów układanki przestaje do siebie pasować, nielogiczności zaczynają się nawarstwiać zaś przyjaciółki, które znało się od dawna i u których boku niezliczoną ilość razy walczyło się na śmierć i życie
Kyoko i Sayaka powoli coraz bardziej pogrążają się w otchłani rozpaczy - takie zresztą jest przeznaczenie wszystkich czarodziejek. Mami również straciła całą swoją nadzieję i wolę walki. Jednak istnieje dla nich ratunek...
