Test nowego systemu rozpoznania ujawnia, że na powierzchni planety Siedem przebywa członkini grupy kolonistów ocalała z ataku pustelniaków. Nagate i Izana wyruszają na ryzykowną misję ratunkową, aby odnaleźć kobietę nim zrobi to czyhający w morskich głębinach pustelniak.
Kiedy na pokładzie Sidonii trwają przygotowania do ataku na kolosalny statek klasterowy, Nagate i hybryda Tsumugi Shiraui wyruszają na ratunek eskadrze zwiadowczej, zaatakowanej przez rój pustelniaków. Lecz czy we dwoje zdołają ocalić Izanę i przetrwać starcie z przebiegłym przeciwnikiem?
Po udanej akcji ratunkowej Teruru Ichigayi i bliskim spotkaniu z kolosalnym statkiem klasterowym, Nagate i jego towarzysze wyruszają na kolejną misję. Tym razem czeka ich długa i wyczerpująca podróż na pokładzie nowego krążownika wprost do wnętrza gwiazdy Lem, gdzie mają za zadanie dostarczyć
Po kolejnym zwycięstwie nad Pustelniakami, przychodzi czas na odrobinę odpoczynku dla załogi Sidonii. Jednak podczas gdy Nagate wraz z przyjaciółmi cieszy się chwilą wytchnienia od wojennej codzienności, Ochiai podejmuje próbę spełnienia swojego marzenia. A to może oznaczać zagładę całego statku.
