Po kolejnym zwycięstwie nad Pustelniakami, przychodzi czas na odrobinę odpoczynku dla załogi Sidonii. Jednak podczas gdy Nagate wraz z przyjaciółmi cieszy się chwilą wytchnienia od wojennej codzienności, Ochiai podejmuje próbę spełnienia swojego marzenia. A to może oznaczać zagładę całego statku.
Czas zagłębić się w historię Sidonii. Dlaczego na pokładzie statku-arki znajduje się zaledwie dwadzieścia osiem ostrokłosów – jedynej broni zdolnej przebić rdzeń pustelniaka? Dlaczego pani kapitan powierzyła Strażnika Dziedzictwa właśnie Nagate? Dlaczego pustelniaki atakują Sidonię? Czy przeszłość
Kiedy na pokładzie Sidonii trwają przygotowania do ataku na kolosalny statek klasterowy, Nagate i hybryda Tsumugi Shiraui wyruszają na ratunek eskadrze zwiadowczej, zaatakowanej przez rój pustelniaków. Lecz czy we dwoje zdołają ocalić Izanę i przetrwać starcie z przebiegłym przeciwnikiem?
„Ponieważ jestem rycerzem Sidonii!” Kapitan statku podejmuje decyzję, by rozpocząć działania ofensywne i raz na zawsze wyeliminować zagrożenie ze strony pustelniaków. Na pierwszej linii frontu znów pojawia się Nagate Tanikaze, który niejednokrotnie dał dowód odwagi i zaangażowania, przez co zyskał
