Kiedy na pokładzie Sidonii trwają przygotowania do ataku na kolosalny statek klasterowy, Nagate i hybryda Tsumugi Shiraui wyruszają na ratunek eskadrze zwiadowczej, zaatakowanej przez rój pustelniaków. Lecz czy we dwoje zdołają ocalić Izanę i przetrwać starcie z przebiegłym przeciwnikiem?
Po walce ze zmartwychwstałym naukowcem Ochiaiem siły Sidonii przypuszczają atak na kolosalny statek klasterowy. Jednak w wyniku zasadzki pustelniaków druga flota ponosi ogromne straty, a Tsumugi musi walczyć o życie. Tymczasem nadciągają armady pomniejszych statków klasterowych. Nagate pozostawia
Istota obdarzona ludzkimi uczuciami i zaciekłością pustelniaka… Z pomocą hybrydy, Tsumugi Shiraui, siłom Sidonii udało się unicestwić Okarynę. Lecz w kosmicznej otchłani czai się przeciwnik, którego potęga przyćmiewa wszystko, z czym do tej pory przyszło im się mierzyć. Czy nowa broń Sidonii zdoła
Po udanej akcji ratunkowej Teruru Ichigayi i bliskim spotkaniu z kolosalnym statkiem klasterowym, Nagate i jego towarzysze wyruszają na kolejną misję. Tym razem czeka ich długa i wyczerpująca podróż na pokładzie nowego krążownika wprost do wnętrza gwiazdy Lem, gdzie mają za zadanie dostarczyć
