Bohaterowie kontynuują poszukiwania składników na proch. Nagle w oddali zauważają dym. Senku wierzy, że to oznaka obecności innych ludzi, dlatego, pomimo ryzyka, postanawia nadać do nich sygnał. Jednak Tsukasa, chcąc zapobiec produkcji prochu, depcze im po piętach i sytuacja robi się coraz bardziej dramatyczna.
Przybywszy do wioski Kohaku, Senku postanawia uczynić z jej mieszkańców swoich sojuszników. Zaczyna od naukowego pojedynku, w którym pokonuje Chrome. Chłopcy się zaprzyjaźniają i wspólnie planują wynaleźć lekarstwo dla chorej siostry Kohaku. To pierwsze wielkie wyzwanie dla Królestwa Nauki!
Z nieznanego powodu cała ludzkość zmienia się w kamienne figury. Mijają tysiące lat. Pewnego dnia nasz bohater Taiju Oki, oraz jego kumpel, Senku, wykruszają się ze skorup i z przerażeniem odkrywają, że muszą stworzyć całą cywilizację od nowa!
Rabunkowa gospodarka złożami naturalnymi oraz zanieczyszczenie atmosfery spowodowały gigantyczny efekt cieplarniany. Nie da się już zatrzymać wzrostu temperatury, a wszelkie życie na Ziemi skazane jest na zagładę. Jedyna nadzieja na odbudowanie flory i fauny to zabezpieczenie DNA wszystkich żywych
